Po pożarze i zniszczeniu Chełma w 1473 r. biskup Jan z Grabowej zamierzał przenieść swą siedzibę do Hrubieszowa i zmienić nazwę diecezji na hrubieszow­ską. W sprawie tej uzyskał zgodę Kazimierza Jagiellończyka. Z nieznanych do dziś powodów zamysł ten nie doczekał się realizacji. Chełm z przewagą ludności prawosławnej, a także stale powiększającej się liczby Żydów, nie był zbyt miłym miastem dla katolickich biskupów. W 1490 r. kolejny ósmy biskup chełmski Maciej ze Starej Łomży wyjednał u Kazimierza Jagiellończyka zgodę na prze­niesienie katedry, kapituły i własnej rezydencji do Krasnego stawu. Prawa katedry otrzymał dotychczaso­wy krasnostawski kościół parafialny pod wezwaniem Wszystkich Świętych. W sto lat później w Chełmie powstało nowe biskup­stwo greckokatolickie, nazywane też unickim. Unia Cerkwi prawosławnej z Kościołem katolickim została zawarta w Brześciu w 1596 r. W synodzie zjednoczenio­wym wzięli udział obaj chełmscy biskupi: katolicki Stanisław Gomoliński i unicki (przedtem prawosławny) Dionizy Zbirujski. Dotychczasowa katedra prawosław­na stała się katedrą unicką a cudowny obraz Matki Boskiej ściągał pielgrzymów zarówno unitów jak i katolików. Do jedności z Kościołem pod koniec XVI w. i na początku XVII w. zaczęli powracać protestanci. Protestantyzm w diecezji chełmskiej szerzył się głównie w połowie XVI w. Relacja do Rzymu z 1597 r. wspo­mina o 24 kościołach parafialnych zamienionych na zbory luterskie. W 1648 r. pozostało na terenie diecezji zaledwie 5 zborów. Pracę nad pojednaniem protestan­tów rozpoczął bp Stanisław Gomoliński (1591-1600), kontynuowali ją kolejni biskupi: Jerzy Zamojski (1601-1621) i Maciej Łubieński (1621-1627) późniejszy pry­mas Polski. Ogromną rolę w przywracaniu jedności odegrały zwołane przez nich synody, na których przyję­to dekrety Soboru Trydenckiego i przeorganizowano duszpasterstwo. Dla usprawnienia administracji koś­cielnej oraz wglądu w pracę i życie duchowieństwa bp Jerzy Zamojski na synodzie w 1604 r. podzielił diecezję na 10 dekanatów. Wśród nich powstał dekanat chełmski z 7 parafiami.